Селение спрятано в центральной части страны и окружено трудно проходимым лесами сельвы, дикие флора и фауна которых служат основной защитой его границы, как и искусственно расставленные ловушки. Главные ворота совмещены с контрольно-пропускным пунктом и строго охраняются, а желающие посетить страну должны предоставить подтверждающие личность документы, указать цель и сроки своего визита. Однако даже несмотря на жёсткий контроль и изоляцию те, кому удаётся получить разрешение на въезд, во время всего пребывания на территории Амегакуре находятся под постоянным наблюдением.